超分辨顯微鏡可以根據(jù)不同的分類方式進(jìn)行劃分。根據(jù)實現(xiàn)原理，可以分為兩類：“真正的”超分辨技術(shù)和“功能性”超分辨技術(shù)。

“真正的”超分辨技術(shù)通過捕捉倏逝波中包含的信息并直接給出超分辨率圖像。而“功能性”超分辨技術(shù)則使用智能實驗技術(shù)和對被成像樣本的已知限制來重建和產(chǎn)生確定性（利用非線性熒光團(tuán)的響應(yīng)）或隨機（利用熒光團(tuán)的復(fù)雜時間行為）超分辨率圖像。

另外，根據(jù)應(yīng)用的技術(shù)手段，超分辨顯微鏡主要可以分為三類：刺激發(fā)射熒光顯微鏡、結(jié)構(gòu)亞波長光學(xué)顯微鏡和單分子熒光恢復(fù)成像技術(shù)。

此外，超分辨方法也可以通過三個Z名的家族來識別，包括結(jié)構(gòu)化照明SIM、受激發(fā)射損耗STED和單分子定位方法。其中，SIM、STED、STORM、PALM、PAINT等多種超分辨率技術(shù)已成功應(yīng)用于生物領(lǐng)域。

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